Кто должен выводить из оборота бутилированную воду для собственных нужд

Не имеет значения кто.
   Если поставщику удобно делать продажу с выводом из оборота, то он укажет вас как покупателя и выведет из оборота воду.
   Если поставщику это делать неудобно, а так чаще всего, то вам придет УПД, вы его подписываете и выводите воду из оборота.
   Сразу совет. Используйте для получения ЭДО-лайт честного знака. Там можно сразу при подтверждении УПД вывести весь полученный по УПД товар на производственные цели или на собственные нужды.