Вы можете уточнить у вашего оператора ЭДО - можно ли отменить аннулирование.
Если нельзя, то только повторная отправка УПД.
Если Вы уже отгрузили товар следующему покупателю и статус кодов маркировки поменялся, то вернуть все назад будет очень сложно.
Попутно я бы посоветовала обратиться в техподдержку честного знака.