Нужно конкретно разбираться, в чем была ошибка.
Действительно ли коды маркировки не прошли проверку в честном знаке или сам честный знак завис.
Реализация без честного знака является нарушением, для ИП за первое нарушение можно получить предупреждение.
Штрафы тоже есть для ответственного лица от 1000 до 5000 рублей.
Не думаю, что вам нужно делать возврат. уже если пробили товар и отдали его покупателю, как потом вы пробьете коды маркировки.