Лишние 3 кода нужно списать в личном кабинете Честного ЗНАКа это делается через документ Списание (общий документ) с причиной Уничтожено или Утрачено.

Влияет ли разница в отчётах?
Нет, налогообложение и отчётность это не затрагивает. Списание неиспользованных кодов это внутренняя операция в Честном ЗНАКе, она не отражается в бухгалтерском и налоговом учёте. Главное чтобы лишние коды не висели в статусе Эмитирован бесконечно, иначе со временем система может аннулировать их автоматически, но лучше списать вручную, чтобы был чистый документооборот.

На бухгалтерию это не влияет, штрафов не будет.