Удалить ТТН из ЕГАИС невозможно.
   В системе ЕГАИС нет функции удалить накладную. То, что называют удалением, это одно из двух действий: отказ от ТТН или распроведение (отмена приёмки). Разберём оба случая.

Ситуация 1. Клиент удалил ТТН только в своей программе учёта (1С, Эвотор и т. д.)
В ЕГАИС накладная при этом никуда не делась она по-прежнему там. Клиенту нужно просто запросить её заново по номеру ТТН.

Ситуация 2. Клиент отправил в ЕГАИС акт отказа от ТТН
Если клиент не просто удалил документ в своей программе, а отправил в ЕГАИС акт отказа тогда товар уже не числится у него на балансе.
Нужно отозвать акт отказа.