Перефразирую вопрос.
"Как оформить расхождение по отклонённому акту на подтверждённой ТТН в Эвоторе"
Суть проблемы
Вы приняли ТТН (фактуру), но потом выяснилось, что по ней есть расхождения. Вы отправили акт расхождения поставщику, а он его отклонил. Теперь товар числится на вашем балансе в ЕГАИС, но количество не соответствует фактическому. Ситуацию нужно исправлять.

Что делать пошагово
   Шаг 1. Распроведите ТТН
Откройте на Эвоторе: Алкоголь Документы ЕГАИС Приёмка. Выберите ТТН в статусе Принята и нажмите Отменить проведение ТТН. Укажите комментарий (например, Ошибка приёмки, требуется корректировка) и подтвердите.

Для этого нужно соблюдение трёх условий:

1. Поставщик согласен на отмену и должен её подтвердить.
2. С момента приёмки прошло не более 30 дней.
3. Товар из накладной ещё не продан и не списан.
Если поставщик подтвердит отмену ТТН перейдёт в статус Распроведена, товарные остатки автоматически спишутся, и с накладной можно будет работать заново.

   Шаг 2. Заново проведите приёмку с актом расхождения
После распроведения откройте ТТН заново и проведите частичную приёмку:
По каждой позиции нажмите Верно (если количество совпадает) или Неверно (если есть расхождение).
При расхождении укажите фактическое количество оно может быть меньше или равно заявленному в ТТН.
Для крепкого алкоголя отсканируйте марки тех бутылок, которые фактически принимаете.
Нажмите Принять частично.
Укажите причину расхождения (например, Бой при транспортировке, Недовоз) и подтвердите отправку акта.

   Шаг 3. Дождитесь ответа поставщика
Поставщик получает акт расхождения и должен его подтвердить или отклонить. У него есть до 60 дней.

Если подтвердит ТТН перейдёт в статус Завершена, товар в принятом количестве встанет на ваш баланс.
Если снова отклонит товар по ЕГАИС вернётся на баланс поставщику. В этом случае нужно договариваться с поставщиком лично: согласовать расхождения до отправки акта в ЕГАИС.

Важные нюансы
Если ТТН уже подтверждена, а акт расхождения отклонён нельзя просто создать новый акт поверх существующего. Сначала нужно распровести ТТН, потом провести приёмку заново.
Если товар уже продан распровести ТТН нельзя. Единственный вариант оформить акт списания на недостающий/разбитый товар отдельно, через Алкоголь Списание.
Если с момента приёмки прошло больше 30 дней отменить проведение ТТН через Эвотор уже не получится. Нужно обращаться в поддержку ЕГАИС (ФС РАР) или решать вопрос через корректировочные документы.
Если поставщик не отвечает в течение 60 дней акт считается согласованным автоматически, и товар в указанном вами количестве закрепится за вами.

Уточнение. По поводу касс Эвотор. В зависимости от модели кассы интерфейс может отличаться. пошаговый путь может быть не верен для вашей кассы.